Heraklit stammte aus Ephesos. Seine Blütezeit fällt in die 69. Olympiade (504/501 v. Chr.). Sein Vater war Blyson oder nach einigen Herakon. Heraklit war stolzen Sinnes und blickte mit Verachtung auf die ihn umgebende Welt. Dies zeigte sich auch in seiner Schrift, in der er sagte, dass Vielwisserei nicht Verstand lehrt und nannte Beispiele wie Hesiod, Pythagoras, Xenophanes und Hekataios. Er war der Ansicht, dass Weisheit darin besteht, die Vernunft zu erkennen, die alles und jedes zu lenken weiß. Homer und Archilochos verdienten seiner Meinung nach aus den Preiswettkämpfen verwiesen und mit Ruten gestrichen zu werden.

Heraklit verzichtete zugunsten seines Bruders auf die amtliche Königswürde, was Antisthenes als Zeichen seiner hohen Sinnesart ansah. Er hegte eine geringschätzige Meinung von den Athenern, obwohl er bei ihnen in höchstem Ansehen stand, und zog seine Heimatstadt Ephesos vor, obwohl er dort missachtet wurde. Schon in jungen Jahren erregte Heraklit Aufsehen. Als Jüngling erklärte er, nichts zu wissen, als reifer Mann dagegen alles zu wissen. Er ging bei niemandem in die Lehre, sondern erklärte, er erforsche sich selbst und schöpfe sein ganzes Wissen aus sich selbst. Sotion berichtet jedoch, dass einige meinten, er habe Xenophanes gehört.

Sein Werk wurde hoch angesehen, und es gab schülerhafte Anhänger von ihm, die sogenannten Herakliteer. Dareios, der König der Perser, war begierig darauf, ihn kennenzulernen und ihm Unterricht zu erteilen, und sandte ihm einen Brief. Heraklit lehnte die Einladung jedoch ab, da er mit Wenigem zufrieden war und der Meinung war, dass die meisten Menschen der Wahrheit und Gerechtigkeit fernblieben. Oder zumindest wollte jemand im 1. Jh. um der Zeitwende solch einen Eindruck erwecken lassen und verfasste diese Briefe im Namen Heraklits und Dareios' selbst, was jedoch auf eine Wahrgenommene Nähe Heraklits zu den Persern hindeutet. Außerdem wird angenommen, dass noch eine weitere Person mehrere Briefe im Namen Heraklits verfasst habe. Diese Briefe zeigen eine Nähe zum stoischen und jüdischen Denken Alexandrias des 1. Jh. BCE.

Die Schrift Heraklits über die Natur war schwer verständlich und schwer zu erklären. Einige Grammatiker, wie Diodotos, behaupteten, die Schrift handle nicht von der Natur, sondern vom Staat, und die Ausführungen über die Natur dienten nur als Beispiele. Hieronymos berichtet, dass der Jambendichter Skythinos versuchte, die Schrift in Versen wiederzugeben. Außerdem soll es einige Philosophen gegeben haben, die Bücher über Heraklit verfassten und seine Lehre auslegten, jedoch sind diese alle verloren gegangen. Herakleides zum Beispiel soll 4, auch Kleanthes soll 4 und Sphairos sogar 5 Bücher über Heraklit und seine Lehre geschrieben haben. Heraklitische Lehren lassen sich überall im antiken Mittelmeerraum wiederfinden, insbesondere durch seinen Einfluss auf Platon und den Stoikern.

Heraklit wird als "der Dunkle" bezeichnet aufgrund der Rätselhaftigkeit seiner Aussagen. Er sagte, dass es besser sei, seinen Unverstand zu verbergen als zur Mitteilung zu bringen. Er äußerte sich kritisch gegenüber religiösen Praktiken seiner Zeit und bemerkte, dass die Leute zu Bildsäulen beteten, wie wenn jemand zu den Zimmerwänden schwätzte, weder Götter noch Heroen erkennend, welches Wesens sie sind. Einige sahen in seiner Philosophie die Ansicht, dass alles in Bewegung sei. Er verglich die Beweglichkeit der Materie mit der raschen Strömung eines Flusses. Andere interpretierten seine Lehren so, dass Gegensätzliches an demselben Ding existiert. Er sprach auch von einem Weltbrand.

Es gibt verschiedene Berichte über den Tod Heraklits. Hermippos berichtet, er habe die Ärzte gefragt, ob man durch Druck auf seine Eingeweide das Wasser seiner Wassersucht entfernen könne. Als dies verneint wurde, legte er sich in die Sonne und befahl Knaben, ihn mit Rindermist zu bedecken, woran er am zweiten Tag starb und auf dem Markt beerdigt wurde. Neanthes von Kyzikos behauptet hingegen, er sei, da er den Mist nicht entfernen konnte, liegen geblieben und von Hunden gefressen worden, da er durch die Veränderung unkenntlich geworden sei. Ein Epigramm fragt, wie sein Leben nach so viel Mühe mit einem solchen Tod enden konnte, da eine unerträgliche Krankheit seinen Körper mit Wasser durchtränkte und ihn der Finsternis preisgab. Ariston behauptete, er sei von der Wassersucht geheilt worden und an einer anderen Krankheit gestorben; dies wird auch von Hippobotos bestätigt.

Verschiedene spätere Philosophen, Schriftsteller und Theologen erwähnten Heraklit und seine Lehren, darunter Platon, Aristoteles, Sextus Empiricus, Clemens von Alexandria, Hippolyt von Rom, Diogenes Laertios, und andere. Sie interpretierten und rezipierten seine Ideen auf unterschiedlichste Weise und da Heraklits eigenes Werk als solches uns nicht erhalten geblieben ist, sind wir auf diese Quellen angewiesen, um seine Lehre rekonstruieren zu können.

Es gab auch fünf weitere Personen namens Heraklit, darunter ein lyrischer Dichter und ein Elegiendichter. Der hier behandelte Heraklit ist der Philosoph aus Ephesos.